Zatiaľ čo zmrazenie - sušiace ovocie a zelenina má veľa výhod, pokiaľ ide o udržiavanie textúry, chuti a výživovej hodnoty, existujú aj niektoré hlavné nevýhody. Počiatočné náklady a zložitosť potrebného zariadenia sú jednou z hlavných prekážok. Stroje na zmrazenie sušenia vyžadujú významnú počiatočnú investíciu z dôvodu vysokých nákladov na obstarávanie a údržbu. Energetické požiadavky týchto zariadení môžu navyše zvýšiť výrobné náklady a negatívne ovplyvniť celkovú ziskovosť operácií sušenia zmrazenia.
Citlivosť samotného procesu procesu sušenia zmrazenia predstavuje ďalšie ťažkosti. Ovocie a zelenina sú starostlivo zmrznuté a obsah vody sa následne sublimuje pod nízkym tlakom. Na záruku kalibru hotového produktu si tento presný proces vyžaduje starostlivú reguláciu tlaku a teploty. Akýkoľvek odklon od ideálnych okolností môže viesť k strate výživového obsahu, príchuti alebo textúry. Dokončenie postupu, ktorý by mohol obmedziť kapacitu výrobných zariadení, môže navyše trvať niekoľko hodín.
Ďalším hlavným problémom v zmrazení sušenia ovocia a zeleniny je udržiavanie ich štrukturálnej integrity. Keď je voda odstránená z určitých výrobných položiek, môže byť zraniteľnejšia voči poškodeniu alebo štrukturálnemu kolapsu. Aby sa zabezpečilo, že produkcia môže prežiť zmrazenie - proces sušenia bez straty požadovaných atribútov, sú potrebné prísne výber a pred - ošetrenie. Napríklad, aby sa udržali svoju farbu a textúru pri sušení, môže byť potrebné ovocie a zeleninu blanšírovať alebo dostať antioxidačné ošetrenie.
Ak sa postup sušenia zmrazenia nevykonáva v sterilnej atmosfére, existuje aj riziko mikrobiologickej kontaminácie. Aj keď sa riziko mikrobiálneho rastu výrazne zníži odstránením vody, znečisťujúce látky, ktoré boli prítomné na začiatku postupu, môžu byť stále nebezpečné. Vytvorenie bezpečného a vynikajúceho zmrazenia - Sušené produkty si preto vyžaduje udržiavanie čistej a kontrolovanej atmosféry.
